El Centro de Investigación en Neurociencias nació como el Programa de Investigación en Neurociencias (PIN) en 1999, bajo la dirección del Ph.D. Jaime Fornaguera Trías (1999-2022) junto con el apoyo de reconocidos investigadores, tales como, el Ph.D. Henning Jensen Pennington del Instituto de Investigaciones Psicológicas y el Ph.D. Pedro León Azofeifa del Centro de Investigación en Biología Celular y Molecular.

Debido al crecimiento del número de investigaciones y por la amplitud de las temáticas abordadas, en el año 2002, el PIN llegó a ser uno de los cinco programas de investigación de interés institucional existentes en la Universidad de Costa Rica, en esa época. Finalmente, como resultado de un proceso de maduración, desarrollo y consolidación, el PIN se convirtió en el Centro de Investigación en Neurociencias (CIN), en el mes de octubre del año 2012. 

El CIN es una Unidad Académica de Investigación de naturaleza multidisciplinaria, interdisciplinaria y transdisciplinaria, adscrita a la Vicerrectoría de Investigación, que se dedica principalmente al desarrollo de proyectos y actividades de investigación en el área de las neurociencias. 

Desde sus inicios, el CIN ha sido un lugar de formación tanto para profesionales como para estudiantes. A lo largo de los años, investigadores de diversas áreas han participaron en los diferentes proyectos de investigación; por ejemplo, profesionales en Biología, Genética, Psicología, Ciencias Cognoscitivas, Medicina e Ingeniería eléctrica, entre otros. Además, la participación de más de 250 estudiantes ha hecho posible el desarrollo exitoso de los proyectos inscritos.

En el marco de una de las actividades sustantivas de la Universidad de Costa Rica, el CIN desarrolla el proyecto de acción social: ED-3034 Programa de Educación Continua del CIN. En este proyecto, se brindan capacitaciones, talleres y charlas de divulgación sobre diversos temas de Neurociencias. Por ejemplo, desde el año 2006, se realizan talleres y conferencias para capacitar a docentes ⎯tanto de preescolar como de primer y segundo ciclo⎯ por iniciativa propia y en apoyo al Ministerio de Educación Pública.

Además, desde ese mismo año, se realizan seminarios semanales abiertos al público en general, en los que se exponen temas de interés relacionados con las Neurociencias; así como, los resultados de los proyectos de investigación y de las tesis que se desarrollan en el Centro.

A finales del año 2016, iniciaron las obras de construcción de las nuevas instalaciones del CIN. Estas contarán con espacio suficiente para crear 3 nuevos laboratorios: Electrofisiología, Biología Molecular y Cultivo Celular. Además, en el nuevo edificio, se pondrán en operación equipos especializados, los cuales permitirán ampliar los tipos y temas de estudio sobre el sistema nervioso.